bamcut 是一个用于从 BAM 文件中提取指定区域的序列并生成 FASTQ 文件的工具。它可以根据提供的染色体区域，从 BAM 文件中截取覆盖该区域的 reads，并将其序列和质量值输出。
- 提取指定基因组区域的 reads
- 支持生成压缩的 FASTQ 文件
- 基于 Rust 实现，性能高效
确保已安装 Rust 环境，然后克隆仓库并构建：
git clone https://github.com/cherryamme/bamcut.git
cd bamcut
cargo build --release可执行文件位于
bamcut
。
bamcut -i <input.bam> -o <output.fq.gz> -r <chrom:start-end>-i：输入的 BAM 文件路径-o：输出的 FASTQ 文件路径（支持.gz压缩）-r：指定提取的基因组区域，格式为chr:start-end
从 BAM 文件中提取 chr16:178332-178532 区域的 reads：
bamcut -i /path/to/input.bam -o /path/to/output.fq.gz -r chr16:178332-178532- Rust 1.XX 及以上版本
- rust-htslib
- flate2
- log
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