Code base for MITOMICS project
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├── LICENSE
├── README.md
├── reference
│ └── color_codes.txt
└── src
├── analysis
│ ├── IJM
│ │ ├── README.md
│ │ ├── dynamic_range_boxplots.R
│ │ ├── multi_omics_heatmap.R
│ └── YS
│ ├── README.md
│ ├── make.sh
│ ├── _targets.R
│ ├── functions.R
│ ├── make.R
│ ├── R
│ │ └── functions.R
│ └── templates
│ ├── embedding_plot.html
│ └── embedding_with_clusters_plot.html
└── processing
├── DRB
│ └── ImputeMissingH3kValues
│ └── ImputeMissingH3kValues
│ ├── App.config
│ ├── Biomolecule.cs
│ ├── Condition.cs
│ ├── Global.cs
│ ├── ImputeMissingH3kValues.csproj
│ ├── LfqValues.cs
│ ├── bin
│ │ └── Debug
│ │ ├── ImputeMissingH3kValues.exe
│ │ ├── ImputeMissingH3kValues.exe.config
│ │ ├── ImputeMissingH3kValues.pdb
│ │ ├── LumenWorks.Framework.IO.dll
│ │ ├── LumenWorks.Framework.IO.xml
│ │ ├── MathNet.Numerics.dll
│ │ └── MathNet.Numerics.xml
│ └── obj
│ └── Debug
│ └── DesignTimeResolveAssemblyReferencesInput.cache
├── IJM
│ ├── lipidomics
│ │ ├── 1.0-lipidomics_processing.py
│ │ ├── 2.0-lipidomics_processing.py
│ │ ├── 3.0-lipidomics_processing.py
│ │ ├── 4.0-lipidomics_processing.py
│ │ ├── README.md
│ ├── metabolomics
│ │ ├── 1.0-metabolomics_processing.py
│ │ ├── 2.0-metabolomics_processing.py
│ │ ├── README.md
│ └── proteomics
│ ├── 1.0-proteomics_processing.py
│ ├── 2.0-proteomics_processing.py
│ ├── 3.0-proteomics_processing.R
│ ├── 4.0-proteomics_processing.py
│ ├── README.md
└── KAO
├── GC_runOrderCorrection_R_20200810.R
├── README.R
└── Time_stamp.R
All associated mass spectrometry RAW files and search results were deposited into MassIVE data repository and can be accessed using the following link ftp://MSV000086685@massive.ucsd.edu (currently requires reviewer credentials)