The sample calculations here are intended to guide you in setting up and running your own calculations. Each directory provides all the input files and batch submission files needed to run the particular calculations.
- input file (depends on software package)
- output file (depends on software package)
- SLURM batch submission file (generally named
run.slurm) - SLURM stderr/stdout file (generally named
j<SLURM_JOB_NAME>.o<SLURM_JOB_ID>)
├── 00_MPI-examples
│ ├── C
│ ├── C++
│ ├── F90
│ └── Python
├── 01_prime-number-finder-on-CPUs-and-GPUs
│ └── code
├── 02_Python
├── 03_R
├── 04-Conda-Miniconda-Anaconda
├── 06_Matlab
├── 07_Mathematica
│ ├── 12.0
│ └── Misc
├── 15_Gaussian
│ └── 16-B01
│ └── new-module-location
├── Jupyter-Notebooks
├── biology
│ ├── angsd
│ │ └── 0.931
│ │ ├── clean
│ │ │ └── assotest
│ │ └── run
│ │ └── assotest
│ ├── bcftools
│ │ └── 1.9
│ │ ├── clean-vt-arcs
│ │ └── run
│ ├── bedtools
│ │ └── 2.29.0
│ │ ├── clean
│ │ └── run
│ ├── bioconda
│ │ ├── clean
│ │ │ ├── assotest
│ │ │ └── bowtie2-example
│ │ │ ├── index
│ │ │ ├── reads
│ │ │ └── reference
│ │ └── run
│ │ ├── assotest
│ │ └── bowtie2-example
│ │ ├── index
│ │ ├── reads
│ │ └── reference
│ ├── bowtie
│ │ └── 1.2.3
│ │ ├── clean
│ │ │ └── indexes
│ │ ├── run
│ │ │ └── indexes
│ │ └── vt-arcs-example
│ │ └── clean
│ │ └── indexes
│ ├── bowtie2
│ │ └── 2.3.5.1
│ │ ├── standard-example
│ │ │ ├── clean
│ │ │ │ └── example
│ │ │ │ ├── index
│ │ │ │ ├── reads
│ │ │ │ └── reference
│ │ │ └── run
│ │ │ └── example
│ │ │ ├── index
│ │ │ ├── reads
│ │ │ └── reference
│ │ └── vt-arcs-example
│ │ ├── clean
│ │ └── run
│ ├── bwa
│ │ └── 0.7.17
│ │ ├── clean
│ │ ├── run
│ │ └── vt-arcs-example
│ ├── hisat2
│ │ └── 2.1.0
│ ├── minimap2
│ │ └── 2.17
│ │ ├── clean
│ │ └── run
│ ├── mothur
│ │ └── 1.43.0
│ │ ├── TestBatches
│ │ │ ├── align.seqs
│ │ │ ├── amova
│ │ │ ├── anosim
│ │ │ ├── binseqs
│ │ │ ├── biom.info
│ │ │ ├── chimera.bellerophon
│ │ │ ├── chimera.vsearch
│ │ │ ├── classify.seqs
│ │ │ ├── make.contigs
│ │ │ ├── make.file
│ │ │ ├── pre.cluster
│ │ │ ├── screen.seqs
│ │ │ ├── summary.seqs
│ │ │ └── unique.seqs
│ │ └── TestBatches-orig
│ │ ├── align.seqs
│ │ ├── amova
│ │ ├── anosim
│ │ ├── binseqs
│ │ ├── biom.info
│ │ ├── chimera.bellerophon
│ │ ├── chimera.vsearch
│ │ ├── classify.seqs
│ │ ├── make.contigs
│ │ ├── make.file
│ │ ├── pre.cluster
│ │ ├── screen.seqs
│ │ ├── summary.seqs
│ │ └── unique.seqs
│ ├── ncbi-blast+
│ │ └── 2.10.0
│ │ ├── standard
│ │ │ ├── clean
│ │ │ └── run
│ │ └── vt-arcs-example
│ │ ├── clean
│ │ └── run
│ ├── samtools
│ │ └── 1.9
│ │ ├── clean
│ │ ├── run
│ │ └── vt-arcs-example
│ └── vcftools
│ └── 0.1.16
│ ├── clean
│ └── run
├── chemistry
│ ├── AMBER
│ │ └── 18
│ │ ├── 0
│ │ │ └── cofc-ohpc-template
│ │ ├── gpu-quadro-p4000
│ │ ├── gpu-tesla-v100
│ │ ├── one-node
│ │ └── two-nodes
│ ├── GAMESS
│ │ └── 2018
│ ├── Gaussian
│ │ └── 16-B01
│ ├── NAMD
│ │ └── 2.13
│ │ ├── multicore+CUDA
│ │ │ └── test-ApoA1
│ │ └── multicore-mpi
│ │ └── test-ApoA1
│ ├── Orca
│ │ └── 4.1.2
│ └── Psi4
│ └── 1.3.1
├── geology
│ ├── WASS
│ └──
70DA
agisoft
│ ├── metashape
│ └── photoscan
└── physics
├── CM1
│ └── 19.8
│ ├── squall_line
│ └── supercell
└── openFOAM
└── 7