Hail을 이용한 전장유전체 데이터 분석 튜토리얼에 오신 여러분을 환영합니다.
본 튜토리얼을 구동하기 위해선, 최소 쿼드코어 CPU와 8Gb 메모리 이상의 컴퓨터가 필요합니다. 튜토리얼에 사용하는 데이터는 맨 아래 섹션인 Appendix에서 찾을수 있습니다. 튜토리얼의 데이터는 1000 Genome Project의 high coverage depth WGS VCF 중 염색체 22번 일부를 임의로 추출하였습니다.
튜토리얼 구글 코랩 버젼 링크. 참고, Hail은 GPU/TPU를 사용하지 않기 때문에 하드웨어 가속 없이 구동하면 됩니다. 또한 Hail은 일반적으로 CPU 노드 숫자가 중요하기에 코랩은 일반 HPC나 클라우드 환경보다 느립니다. 연습용 코드이니, 실제 구동환경에서는 이보다 빠르게 진행됨을 알려드립니다.
CWAS를 이용한 전장유전체 noncoding mutation 분석 튜토리얼입니다.
본 튜토리얼을 구동하기 위해선, 최소 2코어 CPU와 8Gb 메모리 이상의 컴퓨터가 필요합니다. 튜토리얼의 데이터는 An et al., Science, 2018 논문의 데이터입니다.
튜토리얼 구글 코랩 버전 링크.