8000 GitHub - xuqinghan/chem-graph: SMILES <-> graph
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xuqinghan/chem-graph

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20200816

经过对nmr_shift_db2 的数据清洗和统计:
共 43540个结构式
非氢原子数量: 25以下的占接近90%, 50个以下的占几乎99%

峰位置范围: [-45.8 - 333.8]
主要集中在-10-240 之间
相邻峰间距范围: [0.01  1.0]
相邻峰间距范围: [0.01  233.7]
但主要以0.1 1位小数步进

提示 初步以非氢原子数量50,原子类型9-11

输入:已知分子式(各原子数量+类型)+ 中间谱线编码

13C_shift编码:  -10 240  -> 2500 维 稀疏向量 0 1 编码

需要定义损失函数:
1 code_shift->graph 结构重建误差= 重点是edge的预测!
2 graph->code_shift code_shift的误差

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SMILES <-> graph

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